明清時代,各地土司不但對布依族人民進(jìn)行殘酷剝削和壓迫，土司之間矛盾也很大，互相仇殺，這嚴(yán)重影響了布依族人民的生命安全，同時也阻礙了當(dāng)?shù)厣鐣?jīng)濟(jì)和文化的發(fā)展。為了加強(qiáng)淸王朝的中央統(tǒng)治，清朝廷在貴州實行“屯田實邊”、“改土歸流”等政策，使清朝的統(tǒng)治在貴州各少數(shù)民族地區(qū)得以深入和加強(qiáng)。這種突出封建地主階級專政的行為，雖然使各族人民受到嚴(yán)格的控制和壓迫，但客觀上,也使布依族增加了與外界的聯(lián)系和交流，推動了社會經(jīng)濟(jì)和文化的發(fā)展。

這一時期,社會發(fā)展的最大特點(diǎn)是：生產(chǎn)技術(shù)的提高和人口的增長。布依族醫(yī)藥也隨著生產(chǎn)活動的提高和社會的進(jìn)步，總體水平得到了很大的發(fā)展，主要表現(xiàn)在：

1.對疾病的認(rèn)識和治療方法的提高

“改土歸流”之后，大量的漢民入黔，布依族醫(yī)藥文化受到中原，尤其是漢族中醫(yī)藥文化的影響，同時也吸收了其他少數(shù)民族醫(yī)藥文化，使布依族醫(yī)藥有了很大的提高。逐漸從崇拜鬼神,信命巫術(shù)的桎梏中擺脫出來，對疾病的發(fā)生、發(fā)展、歸因有了更深一層的認(rèn)識，診斷疾病開始用望色、號脈和問診，力求辨證施治；常用滾蛋、刮痧、火針、油針、瓦針、酒針、化水、挑筋，藥浴熱沙等方法治療疾患；疾病分類從“三十六癥”到“七十二癥”，加起來有“一百單八癥”之說。

布依族地區(qū)，在諸葛亮南征時就曾被稱為“瘴癘流行之所”。布依族人民在缺醫(yī)少藥的情況下,受瘧疾、天花、麻疹、回歸熱、傷寒等各種疫疾的危害十分嚴(yán)重。那里流傳一首歌謠：“八月谷子黃,擺子鬼上床,十有九人病,無人送湯藥?！焙髞?，布依族醫(yī)經(jīng)過反復(fù)實踐，運(yùn)用草藥敷在患者脈搏穴位上，很快就痊愈。

2.“場期藥市”的形成

明末淸初，西南地區(qū)交通的開發(fā)，漢、“夷”接觸頻繁，關(guān)系日益密切，布依族人民接受漢族先進(jìn)的文化技術(shù)，促進(jìn)了農(nóng)業(yè)、手工業(yè)的發(fā)展。由于剩余農(nóng)產(chǎn)品逐漸增加,農(nóng)村初級市場逐步擴(kuò)大,市場交易口益繁榮，布依族地區(qū)出現(xiàn)了貴陽、都勻、獨(dú)山、南籠（今安龍）、安順等重要商業(yè)中心。

隨著商業(yè)城市的發(fā)展，中醫(yī)藥文化的滲透,藥材交易也成為重要的商品貿(mào)易。貴州屬亞熱帶地區(qū),物產(chǎn)豐富，盛產(chǎn)多種地道藥材及礦物藥材,如天麻、杜仲、吳茱萸、五倍子、白及、白銀、雄黃、朱砂等，貴陽、安順等重要商業(yè)城市，江、廣、楚、蜀貿(mào)易客商，云集此地，對大宗藥材進(jìn)行轉(zhuǎn)口貿(mào)易,銷往外地。

在農(nóng)村也有定期集市的市場，場期以動物屬相為名，如雞、狗、豬、鼠、兔等等，各族人民在定期市場上出售農(nóng)產(chǎn)品、土特產(chǎn)、家庭手工業(yè)的編織品和紡織品以及牛馬、豬羊等牲畜以及雞、鴨、鵝等家禽和獵獲物等。藥材交易是其中的重要交易對象之一。

由于種植、養(yǎng)殖業(yè)的發(fā)展，醫(yī)師在進(jìn)行看病療疾，使用藥物的時候，也對一些因季節(jié)、環(huán)境難以采集的藥材，在自家的屋前房后或苗圃里種植，用不完的就拿到集市上出售，同時也買回自己需要的藥材。長此以往，促進(jìn)了種植、養(yǎng)殖與藥市的良性發(fā)展，加強(qiáng)了醫(yī)師之間醫(yī)療、用藥的相互交流。此時的布依族醫(yī)師常用藥在幾十種左右，如爬巖姜、大血藤、接骨丹、見血飛、癩蛤蟆、地瓜藤、牛虱子、千里光等。

改土歸流后，清朝對都柳江進(jìn)行了疏浚，榕江到三合（三都）可通木船，向下可抵懷遠(yuǎn)而下粵東；由都勻府沿清水江而入楚；今貞豐的白層和望謨的者相是紅水河及南北盤江重要的水碼頭。陸路，對古驛站、驛道進(jìn)行了修改，使陸路交通可抵川、滇、桂，路途平坦,利于人民的商旅。水陸交通的便利，為“場期藥市”的繁榮發(fā)展提供了有力的保證。

3.釀酒與布依族醫(yī)藥

布依族善飲酒。平壩出土的“中可都酒”表明,早在夜郎時代，布依族的釀酒業(yè)就相當(dāng)普遍。明代文獻(xiàn)記載：“婚嫁，則男女聚飲?！钡綔[初用量更大，“喪……以大翁貯酒，執(zhí)牛角飲,必須傾淋漓而后快?！贬劸啤奥收舾吡?、紅稗和曲蘗貯壇中；揉灰封其口，不旬日而開壇，插管圍繞吸飲?！辈骞軌嬀?是布依族在喜慶場合唱歌勸酒的傳統(tǒng)飲酒方式，直至近代仍如此,如紫云火紅一帶，把這種飲酒稱為“扎馬酒”。

山于布依族節(jié)日喜慶和迎賓敬友，都喜歡飲酒，釀酒的歷史也很悠久，古歌中專有釀酒過程的敘述，到明清時代，飲酒更為普遍。過大年家家釀酒，其中以大米釀的白酒為多，糯米酒則較少。釀酒的原料有大米、包谷、高粱、小米、刺梨、紅薯、糯米、糖渣（熬糖時的蔗水泡沫）等。

布依族認(rèn)為酒有強(qiáng)身健體之功，開脾壯膽之效，能助血?dú)庠隗w內(nèi)營運(yùn)，清污濁之氣。布依族醫(yī)師也認(rèn)為適量飲酒，有助于血?dú)庋h(huán)，強(qiáng)筋健骨。用酒配伍各種動植物藥，治療風(fēng)濕、濕痹等，收到良好的效果。布依族醫(yī)師用爬地香、香貓草、牛瘦柴、酒母草等十多種中草藥加工成粉末，再加入香麥面、紅稗面、麥麩，放在谷堆里發(fā)酵而成一種酒藥。

布依族地區(qū)盛產(chǎn)酒?；ㄏ家雷迳弥拼汤婢?其色赭墨有絲，味極醇美;惠水布依族以特產(chǎn)黑糯米為原料，釀造而成的黑糯米酒酒色赤黑,晶瑩透明，酸甜適口，醇香甘美……布依族醫(yī)藥的發(fā)展，離不開酒文化，釀酒悠久的歷史，也推動了布依族醫(yī)藥的不斷發(fā)展。